Genoma entero: única forma de estudiar las variantes del COVID

Tras analizar 160.000 genomas, una investigación liderada por los profesores de la USC Federico Martinón y Antonio Salas determina que el estudio de los denominados barcodes o código de barras genético del coronavirus, dada su limitada resolución, no permite analizar la circulación de variantes actuales, sino solamente aquellas que surgieron en el inicio de la pandemia. Por el contrario, apuestan por el estudio del genoma entero del virus.

En palabras de Antonio Salas, los investigadores desarrollaron una estrategia de análisis que permite “analizar en muy poco tiempo y de manera muy eficaz miles de genomas del virus”. “Así, por ejemplo, en este estudio analizamos 160.000 genomas enteros del virus y establecimos un modelo de análisis matemático que nos permitió entender la variabilidad del virus desde una dimensión diferente a como se hizo hasta el momento, lo que nos llevó a concluir que los barcodes ofrecen una visión muy limitada de la dinámica del virus”.

Los investigadores creen que la técnica del barcoding podría tener sentido solo en aquellos casos en los que fuera necesario hacer un seguimiento de cepas concretas que, con el paso del tiempo y las evidencias necesarias, pudieran demostrar que tienen una mayor virulencia o gran capacidad de dispersión.

La investigación se basa en dos pilares. Por una parte, un conocimiento importante de los patrones de variabilidad genómica del virus, desde los inicios de la pandemia hasta el momento; y, por otro lado, una “amplia experiencia en el terreno de la filodinámica y estrategias semejantes a los barcodes en otros ámbitos de la genómica”, como es la genética forense o el estudio de los patrones de ancestralidad de las poblaciones humanas.

Los autores despliegan en su estudio “un amplio abanico de argumentos científicos que desmonta la tan bien recibida metodología”, proporcionan elementos que “cuestionan fuertemente las aportaciones científicas presentadas hasta el momento”, y “obligan a una reconsideración de los métodos propuestos”, a favor de un refuerzo de las metodologías basadas en la secuenciación completa del genoma del virus.

“Entendemos que, por el momento, debemos estudiar el genoma entero del patógeno, y evitar métodos reduccionistas que aportan muy poco o nada a la filodinámica del virus”, apuntan.

Martinón añade que ”el uso de barcodes no permite detectar la aparición de variantes de interés terapéutico, una vez se demuestre con las evidencias apropiadas que efectivamente puedan jugar un papel funcional en la pandemia, ya sea en la transmisión o en la virulencia”.